六甲区位于台湾省台南市中央偏北，北临柳营区、东山区，东邻楠西区，西临下营区，南接官田区、大内区。 本区呈东西宽南北窄的长条形，东半部属中央山脉的一部分，地势较为崎岖，西半部则属嘉南平原，地势平坦，气候属热带季风气候。